Государственное бюджетное общеобразовательное учреждение школа № 663 Московского района Санкт-Петербурга не имеет структурных подразделений и филиалов.

Управление Образовательным учреждением осуществляется в соответствии с действующим законодательством и Уставом школы. Управление Образовательным учреждением строится на принципах единоначалия и самоуправления.
Единоличным исполнительным органом Образовательного учреждения является руководитель Образовательного учреждения – директор школы.
Органы управления Образовательного учреждения:

• Общее собрание работников Образовательного учреждения. Положение
  

• Управляющий совет. Положение
  

• Педагогический совет. Положение